Shinichi Kudo è un liceale di sedici anni (diciassette nel corso della serie) e, nonostante la giovane età , è un abilissimo investigatore che collabora spesso con la polizia, risolvendo casi molto intricati. Grande fan di Sherlock Holmes, sogna di emularne le imprese e di diventare lo "Sherlock Holmes del terzo millennio". Un giorno, recatosi con l'amica d'infanzia Ran Mouri ad un parco di divertimenti, assiste ad un sanguinoso caso di omicidio sulle montagne russe, riuscendo alla fine a risolverlo e a scovare il colpevole. Prima di tornare a casa assiste ad uno scambio d'affari sospetto tra due uomini vestiti completamente di nero, membri di una misteriosa "Organizzazione criminale". Preso da cị che stava accadendo davanti ai suoi occhi, Shinichi non si accorge dell'arrivo di un altro membro alle sue spalle, e finisce col venire scoperto e catturato; essendo un testimone scomodo, i due uomini decidono di ucciderlo somministrandogli un veleno sperimentale chiamato Apotoxin-4869 (APTX 4869) che, invece di ucciderlo, lo ringiovanisce di 10 anni.
I titoli in grassetto rappresentano gli episodi che portano avanti la trama principale. La numerazione seguita è quella in giapponese. Le puntate decensurate hanno doppio audio ita-jap, sono Sub Eng o Sub Ita nelle parti in cui doppiaggio italiano non copre.
